Bernhard Heisig ist neben Hans Mayer-Foreyt (1916-1981), Werner Tübke (1929-2004) und Wolfgang Mattheurer (1927-2004) einer der Mitbegründer der Leipziger Schule, einer Kunstströmung der 1970er und 1980er Jahre, deren Ursprung sich an der Leipziger Kunsthochschule befindet. Eine Vielzahl von verschiedenen Kunststilen, die durch eine bewusste Gesellschaftsanalyse alle miteinander verbunden sind, prägen diese Strömung.

Seine erste künstlerische Ausbildung absolvierte er bei seinem Vater, dem Künstler Walter Heisig (1882-1941). 1941-42 besuchte er die Kunstgewerbeschule in Breslau, die er auf Grund seines Einzuges als Kriegsfreiwilliger der Waffen-SS abbrechen musste. In der 12. Panzer-Division „Hitlerjugend“ wurde er an die Ostfront geschickt, wo er mehrfach schwer verwundet wurde und in sowjetische Kriegsgefangenschaft geriet, aus der er 1945 als Invalide entlassen wurde. Seine traumatischen Kriegserlebnisse verarbeitete er später noch häufig in seinen Bildern.
Nach Kriegsende wurde er aus seinem Heimatort Breslau vertrieben und ließ sich in Zeitz nieder, wo er der SED beitrat. 1948 schrieb er sich an der Leipziger Hochschule für angewandte Kunst, später Hochschule für Grafik und Buchkunst, ein. 1951 brach er dieses Studium ab. Drei Jahre später nahm er dort eine Dozentenstelle an und wurde 1961 zum Professor ernannt und erhielt zeitgleich die Stelle des Rektors. Während dieser Zeit übernahm er 1956 den Vorsitz des Verbandes Bildender Künstler (VBK) im Bezirk Leipzig für drei Jahre. Nach seiner Kritik an der Kulturpolitik der SED und der DDR wurde er als Rektor abgesetzt. 1968 kündigte er ebenfalls seine Dozentenstelle auf Grund des Dogmatismus der Hochschule und betätigte sich als Freiberufler.
Drei Jahre später wurde er von Erich Honecker rehabilitiert. Er übernahm erneut den Vorsitz des VBK und kehrte als Rektor an die Hochschule wieder zurück. Außerdem trat er 1978 der SED-Bezirksleitung Leipzig bei.
Neben seiner Rektorenstelle an der Hochschule ging er auch seiner Lehrtätigkeit wieder nach. 1986-90 unterrichtete er Neo Rauch (*1960) als seinen Meisterschüler.
Trotz Lehrtätigkeit erhielt er weiterhin öffentliche Aufträge. Unter anderem porträtierte er 1986 Helmut Schmidt für die Galerie der ehemaligen Bundeskanzler im Bundeskanzleramt in Bonn.
Auch wenn ihm 1998 seine Angehörigkeit zur Waffen-SS und seine staatstragende Rolle in der DDR vorgeworfen wurde, erhielt er weiterhin öffentliche Aufträge.

Seine Werke überarbeitete er stets mehrfach und veränderte sie stetig. Sein sozialistischer Realismus prägte seine monumentalen Gemälde, in denen er Historie und eigene Erfahrungen abstrahiert verarbeitete.