César Manrique wurde schon früh durch Mitbringsel seines Vaters von Geschäftsreisen beeinflusst. Zeitschriften mit Abbildungen der Werke von Pablo Picasso (1881-1973), Henri Matisse (1869-1954) und George Braque (1882-1963) brachten ihm die Kunst näher. 
Anfangs studierte er an der Universität La Laguna auf Teneriffa Bauingenieurwesen. In Madrid studierte er schließlich ab 1945 an der Akademie für Schöne Künste. Nach seinem Abschluss 1950 häuften sich Ausstellungen innerhalb und außerhalb Spaniens. Als einer der Vorreiter der avantgardistischen Kunst eröffnete er in Madrid 1954 Spaniens erste Galerie für nichtfigürliche Kunst. Auch er selbst widmete sich in dieser Zeit vermehrt diesem Stil und begann die Qualität der Materie in seinen Werken zu erforschen, sodass er sich in dieser Zeit dem spanischen Informalismus zuordnen ließ.
In abstraktem Naturalismus, der keine direkte Kopie des Natürlichen darstellte, sondern aus dem emotionalen Verständnis entstand, verarbeitete er Eindrücke der vulkanischen Landschaft Lanzarotes. 
1964 zog er mit Hilfe eines Stipendiums des International Institute of Art Education nach New York . Dort stellte er in der Galerie von Catherine Viviano aus und kam mit Werken von Jackson Pollock (1912-1956), Mark Rothko (1903-1970), Andy Warhol (1928-1987), Robert Rauschenberg (1925-2008) und John Chamberlain (1927-2011) in Kontakt. Kurz darauf zog er auf seine Heimatinsel Lanzarote zurück und begann künstlerische Projekte räumlicher und landschaftlicher Natur. Events und Interventionen sollten den Wert der Insellandschaft und natürliche Attraktionen der Insel steigern. Er entwickelte eine neue ästhetische Vision, die er Kunst-Natur/Natur-Kunst nannte. Kunst im öffentlichen Raum zeigte den respektvollen Dialog zwischen Mensch und Natur. Er entwarf mehrere Touristenattraktionen für Lanzarote und umliegende Inseln, wie Aussichtsplattformen und Gärten. Das Hauptmerkmal seiner Architektur stellte die Integration von Felsen, Steinen und erstarrten Lavaströmen dar. 
Er prägte mit seiner Arbeit die Landschaft der Insel stark. Aber auch sein Einsatz für den gemäßigten Verlauf des dortigen Massentourismus war ausschlaggebend. Er setzte sich daneben für die landschaftliche und kulturelle Identität der Insel ein, sodass Lanzarote 1993 durch die UNESCO zum Biosphärenreservat ernannt wurde.
Auch nach seinem Tod wurden seine Werke weiterhin durch seine 1982 gegründete Stiftung Fundación César Manrique verwaltet.