Ernst Graner machte zu Anfang eine Lehre als Lithograph. Anschließend studierte er von 1885-90 an der Akademie der Bildenden Künste in Wien unter Franz Rumpler (1848-1922) und Eduard Peithner von Lichtenfels (1833-1913).
Nach Abschluss seines Studiums stellte er regelmäßig im Wiener Künstlerhaus aus. 1910 wurde er dort ordentliches Mitglied. 
1895/96 arbeitete er an der Münchner Zeitschrift „Meggendorfer Blätter“ mit. 

In seinen Werken beschäftigte er sich anfangs hauptsächlich mit Genreszenen. Sehr schnell jedoch konzentrierte er sich auf topographisch exakte Ansichten von Wiener Plätzen und Straßen, der Hofburg, Schloss Schönbrunn und der Wiener Umgebung, wie Klosterneuburg und Melk. Seine Ansichten statte er mit reicher Staffage aus und gestaltete sie in klaren Farben.
Auch Portraits gehörten zu seinem Œuvre. 
Nach dem Tod von Franz Alt (1821-1914) und Rudolf von Alt (1812-1905) war Graner der bedeutendste Vedutenmaler Wiens.