Ab 1884 besuchte Ernst Seger die Bildhauerklasse der Königlichen Kunst- und Gewerbeschule in Breslau unter Robert Härtel (1831-1894).
Zwei Jahre später arbeitete er im Meisteratelier von Christian Behrens (1852-1905). In diesen Jahren bekam er schon die ersten größeren Aufträge für öffentliche Denkmäler, die er in seinem eigenen Atelier im Künstlerhaus St. Lukas von Bernhard Sehring (1855-1941) fertigte.
1893/94 hielt er sich in Paris auf, arbeitete im Atelier von August Rodin (1840-1917) mit und besuchte die Akademie Julian.
Danach eröffnete er sein Atelier in Berlin.
Um 1900 wurde er durch Jugendstil-Arbeiten, vor allem durch weibliche Akte, populär.
1904/05 unternahm er eine Studienreise nach Italien und wurde im Anschluss zum Professor ernannt.
Im Kaiserreich und im Dritten Reich gehörte Ernst Seger zu den angesehensten Künstlern Deutschlands.
1938 war er außerdem auf der Großen Deutschen Künstlerausstellung im Münchner Haus der Deutschen Kunst vertreten. 

Anfangs stehen seine Werke noch in der Tradition des Neubarock. Er setzte die Ideen des Jugendstil und Symbolismus, aber auch des Neuklassizismus um.