Eugène Verboeckhoven gilt bis heute als einer der bekanntesten belgischen Tiermaler.

Seinen ersten Unterricht erhielt der Maler gemeinsam mit seinem Bruder, dem Marinemaler Charles-Louis Verboeckhoven (1802-1889), bei deren Vater Barthélemy Verboeckhoven (1759-1840).
Als die Familie nach Gent umgezogen war, besuchte er ab 1815 die dortige Akademie der Bildenden Künste. Ab 1818 zählte er zu den Schülern von Balthasar Paul Ommeganck (1755-1826), einer der Wegweiser der Romantik in Belgien.
Während dieser Ausbildungszeit freundete er sich mit dem Bildhauer Albert Joseph Voituron (1787-1847) an. Dieser galt als erster Sammler seiner Werke und besaß im Laufe der Zeit mehr als 2000 Arbeiten Verboeckhovens.
Schon zu Lebzeiten erhielt der Maler große Anerkennung und konnte seine Werke rentabel verkaufen.
1827 zog er mit seiner Familie nach Brüssel um. Dort begann er sich für die Unabhängigkeit Belgiens zu engagieren. 1830 erhielt er schließlich das Amt des Direktors der Brüsseler Museen.
Ab 1834 war er aktives Mitglied der Freimaurer und mehrerer internationaler Kunstakademien.
Er erhielt auch einige hohe Auszeichnungen, unter anderem 1833/54 den belgischen Leopoldsorden und 1851 den bayrischen Verdienstorden vom Hl. Michael.
Er unternahm zahlreiche Studienreisen. 1822 durch die Ardennen und Frankreich, 1824/26 nach Großbritannien, 1828 nach Deutschland und 1841/42 nach Frankreich und Italien.
Während seiner letzten Reise nach Italien trat er in Rom der Società degli Amatori e Cultori delle Bella Arti bei.
Nach seiner Rückkehr nach Brüssel eröffnete er seine eigene Werkstatt und übernahm ab 1861-67 das Amt des stellvertretenden Bürgermeisters.
In seiner Werkstatt bildete er Louis-Pierre Verwée (1807-1877) und die Brüder Charles (1815-1894) und Edmond Tschaggeny (1818-1873) aus.

In seinen Arbeiten lässt sich vor allem der Einfluss seines Lehrers Ommeganck erkennen, aber auch der Malstil der niederländischen Malerei des 17. Jahrhunderts, dem sog. „Goldenen Zeitalter“. Maler wie Paulus Potter (1625-1654) und Jan Weenix (1640-1719) lassen sich hier nennen.
Eine Sehnsucht nach der Natur und Ursprünglichkeit lassen sich in seinen weiten romantischen Landschaften mit niedrigem Horizont erkennen.
Tiere, vor allem Schafherden auf der Weide oder im Stall, dramatische Szenen mit wilden Tieren und vereinzelt Skulpturen und (Reiter-)Bildnisse lassen sich zu seinem Œuvre zählen.