Mit Anschluss Österreichs an das nationalsozialistische Deutschland 1938 wurden Friedrich Stowasser und seine Mutter in die Wohnung seiner Tante und Großmutter zwangsumgesiedelt. 1943 wurden zahlreiche seiner Verwandten, unter anderem Tante und Großmutter, deportiert.
Nach seinem Abitur besuchte er für drei Monate Kurse von Robin Christian Andersen (1890-1969) an der Akademie der Bildenden Künste in Wien. In dieser Zeit besuchte er eine Ausstellung in der Albertina in Wien, die unter anderem Werke von Walter Kampmann (1887-1945) und Egon Schiele (1890-1918) zeigten, die ihn nachhaltig prägen sollten. 1949 benannte er sich um in Friedensreich Hundertwasser. Er unternahm die erste seiner folgenden zahlreichen Reisen, die ihn durch Europa, Neuseeland, Asien, den Nahen Osten und Afrika führen sollten. In Italien lernte er René Brô (1930-1986) kennen und folgte ihm nach Paris. Dort hielt er sich vermehrt auf und fertigte 1950 gemeinsam mit Brô zwei Wandgemälde in Saint Mandé. Er schrieb sich an der École des Beaux-Arts ein. Merkte jedoch nach einem Tag, dass ihm der akademische Stil nicht mehr entsprach.

1951 unternahm er eine weitere Reise. Diesmal nach Marokko und Tunesien. Er wurde Mitglied des Art Club Wien und erhielt seine erste Ausstellung im Folgejahr, der zahlreiche Ausstellung weltweit während seiner gesamten Schaffensphase folgen sollten. Unter anderem bei Paul Facchetti (1912-2010) in Paris und in der Galleria del Naviglio von Carlo Cardazzo (1908-1963) in Mailand.
1954 entwickelte er seine Theorie des Transautomatismus, in der er eine Überwindung des Automatismus der Tachisten und des Informell forderte, mit dem Ziel des Künstlers, dass ein Bild nicht um der Schönheit Willen geschaffen wird, sondern damit es bei dem Betrachter einen „Individualfilm“ hervorrufen kann. Heißt jeder Betrachter soll das Werk auf seine Weise interpretieren können.
Dieser Veröffentlichung seiner Theorie folgten zahlreiche Publikationen, in denen er seine Grundsätze über Leben und Kunst in Manifesten äußerte. Er brachte seine Publikationen in Form von Reden an die Öffentlichkeit. Unter anderem 1967/68 in seinen beiden Nacktreden über das „Anrecht auf die Dritte Haut“ und das „Architektur-Boykott-Manifest Los von Loos“.

1956 freundete er sich bei einer weiteren Reise mit dem Sammler Siegfried Poppe an.
Im Jahr darauf kaufte er einen Bauernhof in der Normandie, auf dem er zwischen seinen Reisen wohnte und arbeitete.
1958 heiratete er das erste Mal, ließ sich jedoch zwei Jahre später wieder scheiden. 1962 folgte schließlich seine zweite Ehe mit der Künstlerin Jūko Ikewada. Diese Ehe hielt ebenfalls nur kurz. Nach vier Jahren ließen sie sich scheiden.
1959 erhielt er den Sanbra-Preis bei der V. Biennale Saõ Paulo. Auch gründete er gemeinsam mit Ernst Fuchs (1930-2015) und Arnulf Rainer (*1929) das Pintorarium, eine universelle Akademie, die alle kreativen Richtungen vereinen sollte. Außerdem nahm er eine Gastdozentur an der Hochschule der Bildenden Künste in Hamburg an, wo er mit Bazon Brock (*1936) die Aktion der „endlosen Linien“ startete. Spirale-typische Endloslinien, die die Räume und Flure überzogen.
1961 reiste er nach Japan. Dort erhielt er den Mainichis-Preis bei der 6. Internationalen Kunst-Ausstellung in Tokio.
1966 wurde der erste Dokumentarfilm von Ferry Radax (1932-2021) über den Künstler gedreht. Der zweite folgte 1970-72 in Zusammenarbeit mit Peter Schamoni (1934-2011).

1968 begann er sich sein Boot „Regentage“ umzubauen. Mit diesem Segelschiff unternahm er ab diesem Zeitpunkt seine Reisen. Bevor er jedoch das erste Mal damit in See stach, lebte er von 1969-71 auf der Regentag in den Kanälen von Venedig. Sein Leben und seine Reisen auf seinem Boot verarbeitete er unter anderem in seinem Werk „A Rainy Day on the Regentag“.
1971 arbeitete er an mehreren Entwürfen. Unter anderem für das Olympia-Plakat für München und an mehreren Vorlagen für verschiedene Nationalflaggen für Israel, Neuseeland und Australien. Auch entwarf er einige Briefmarken. Unter anderem für Österreich und Liechtenstein.
Im gleichen Jahr unternahm er eine Reise mit der Regentag an die Küste Dalmatiens gemeinsam mit Schamoni und Manfred Bockelmann (*1943).

Nach deren Rückkehr freundete er sich mit Joram Harel an. Er demonstrierte in dieser Zeit in der Sendung „Wünsch dir was“ für Dachbewaldung und individuelle Fassadengestaltung.
1973 erschien seine erste Mappe mit japanischen Holzschnitten. Damit stellte er den ersten europäischen Maler dar, dessen Werke von japanischen Meistern geschnitzt wurden.
1981 wurde Hundertwasser zum Leiter der Meisterschule für Malerei an die Akademie der Bildenden Künste in Wien berufen. Mit Amtsantritt verfasste er neue Richtlinien für die Meisterschule Hundertwasser.
1985 begann er seine Zusammenarbeit mit dem Architekten Peter Pelikan (*1941), mit dem er gemeinsam zahlreiche Hausfassaden gestaltete. Unter anderem 1990 am KunstHausWien.
1989 wurde die Hundertwasser-Brockhaus-Enzyklopädie veröffentlicht, deren Einband er gestaltet hatte. Genau wie 1993 den Einband des Lateinlexikons Stowasser.
1999 entwarf er außerdem das Layout für seinen Catalogue Raisonné, bei dem er die Größe der reproduzierten Werke festlegte und das Cover des zweibändigen Katalogs gestaltete. 

Angefangen mit der Malerei von gepressten Blumen und der Inspiration durch seine kindliche Briefmarkensammlung, die er schon im Alter von sechs Jahren machte, fertigte er 1943 sein erstes Werk nach der Natur. Weitere Werke aus der Umgebung seines Wohnortes am Donaukanal folgten.
Schon früh begann er sich stilistisch am Ornamentalen des Jugendstils zu orientieren. Aber auch die Werke von Paul Klee (1879-1940), Gustav Klimt (1862-1918), Schiele und Kampmann waren prägend für seine Kunst.
In einer Mischtechnik aus vorgefundenen organischen und selbst zubereiteten Farben, in die er häufig farbig glänzende und schillernde Metallfolien einband, fertige er Bildwelten, die sich über anfänglich naiv-realistische Landschaften, Blumen, Köpfe und Figuren erstreckte. Vor allem draufsichtige, multiperspektivische, primärfarbige-opake Darstellungen von Gärten, Zäunen, Flüssen, Seen, Inseln, Schiffen, Orten, Gebäuden, Wäldern und Pflanzen zählten dazu.
Besonders charakteristisch waren seine verkürzten, farbenprächtigen Symbole und Zeichen, zu denen unter anderem Regentropfen, Zwiebeltürme und Bäume auf Dächern zählten. Aber auch die Spirale, die er das erste Mal 1953 in seine Werke einbaute, ist ein typischen Symbol für Hundertwasser.
Seine Werke zeigen ein Konstrukt aus naturgerechtem Leben und naturgemäßer Kunst. Eine in Einklang und Harmonie mit der Natur gestaltete Kunst, die sich nach den Vorlieben der Bevölkerung/des Betrachters richten sollte und nicht nach akademischen und gelehrten Vorschriften.