Jan Thorn-Prikker studierte von 1883-87 an der Kunstakademie in Den Haag. Nach seinem Abschluss wurde er 1890 von Jan Toorop (1858-1928) in die Künstlergruppe Les XX eingeführt und zwei Jahre später von Josephine Péladan (1858-1918) in die Rosenkreuzer-Gemeinschaft.
1898 übernahm der Künstler die künstlerische Leitung der Kunsthandlung Arts and Crafts in Den Haag.
1904 siedelte er schließlich nach Deutschland über. Dort nahm er durch die Vermittlung des damaligen Krefelder Museumsdirektors Friedrich Deneken (1857-1927) einen Lehrauftrag an der neugegründeten Handwerker- und Kunstgewerbeschule Krefeld, heute Hochschule Niederrhein, an. Zu seinen ersten Schülern dort zählten unter anderem Hans Kruzwicki (1885-1936), Helmuth Macke (1891-1936), Heinrich Campendonk (1889-1957), Heinz von der Way (1888-1973) und Wilhelm Wieger (1890-1965).
1910 zog er nach Hagen um und beteiligte sich aktiv an der künstlerischen Reformbestrebung der Werkbund-Bewegung des Kunstmäzenen Karl Ernst Osthaus (1874-1921), Begründer des Folkwang-Museums in Essen. Während dieser Zeit lehrte er an der Essener Handwerker- und Kunstgewerbeschule, später Folkwang-Schule.
Er erhielt durch seine Teilnahme an der Reformbewegung zahlreiche öffentliche Aufträge für Wandgemälde, Mosaike und Glasmalereien. Unter anderem fertigte er 1912 die Glasfenster im Gesellenhaus in Neuss, das von Peter Behrens (1868-1940) entworfen wurde.
Zwischen 1906-13 unternahm er mehrere Studienreisen nach Italien, Dänemark und Frankreich.
1920 nahm er einen Lehrauftrag an der Königlichen Kunstgewerbeschule in München an und unterrichtete dort für drei Jahre.
Im Anschluss wechselte er an die Kunstakademie in Düsseldorf.
1926 wurde er als Professor an die Kölner Werkschulen berufen. 

Sein Stil zeigt in den Anfängen noch Einflüsse des Jugendstils, wird im Laufe seiner Schaffensphase jedoch immer konstruktivistischer und geometrischer.
Dennoch lässt sich das Werk Jan Thorn-Prikker in seiner künstlerischen Entwicklung nie ganz festlegen, da es von so vielen Einflüssen gespeist wird.
Großen Einfluss nahm der Künstler selbst in Deutschland auf die Technik der Glasmalerei. Er war einer der Ersten, die die Bleistege der Verglasung in das Motiv des Kunstwerkes mit einbezogen.