Mit sieben Jahren zog die Familie des Orientmalers Otto Pilny nach Prag.
Über seine Ausbildung ist wenig bekannt. Wahrscheinlich begann er nach seiner ersten Orientreise 1885, bei der er für zwei Jahre auf der Karawanenstraße zwischen Kairo und Tripolis unterwegs war, sein Studium an der Akademie in Prag.
1889-92 unternahm er eine weitere Reise, diesmal durch Ägypten.
Drei Jahre später erhielt er die Schweizer Staatsbürgerschaft.
Außerdem fungierte er als Hofmaler von Abbas Hylmi II. Pascha.

Die Darstellung von betenden Muslimen waren für Otto Pilny charakteristisch. Auch die oft vorurteilsbehaftete Darstellung von (halb-)nackten Frauen, die den lüsternen Blicken der Männer ausgesetzt waren, finden sich häufig in seinen Werken. Diese Art der Motivik kann mit denen der Maler Jean-Auguste-Dominique Ingres (1780-1867) und Jean-Léon Gérôme (1824-1904) verglichen werden.
Sein Sohn, Otto Alexander Pilny (1897-1958), wurde ebenfalls Maler. Widmete sich jedoch hautsächlich den Stadtansichten von Zürich.