Ernst Deger, einer der Hauptvertreter der Düsseldorfer Malerschule, der mit seinen Werken zu den erfolgreichsten Vertretern der spätnazarenischen deutschen Kirchenkunst gehört, begann sein Studium 1828 an der Kunstakademie in Berlin. Ein Jahr später wechselte er an die Kunstakademie in Düsseldorf und studierte dort unter Wilhelm von Schadow (1789-1862). 1834-35 gehörte er der dortigen Meisterklasse an. 
Ein Jahr später schuf er im Auftrag des Kunstvereins für die Rheinlande und Westfalen ein Altarbild für St. Andreas in Düsseldorf. „Maria als Himmelskönigin“. Das zu den populärsten Werken der Düsseldorfer Malerschule zählt.
Von 1837-42 hielt er sich in Italien auf. Dort lernte er u.a. Friedrich Overbeck (1789-1869) kennen.
Nach seiner Rückkehr fertigte er bis 1851 gemeinsam mit Karl Müller (1818-1893), Andreas Müller (1831-1901) und Franz Ittenbach (1813-1879) im Auftrag des Grafen Franz Egon von Fürstenberg-Stammheim die Fresken in der Apollinariskirche bei Remagen. Sie gelten als eines der bekanntesten Monumentalwerke der Düsseldorfer Malerschule.
1853-57 erhielt er einen weiteren Auftrag für Wandmalereien in der Kapelle von Schloss Stolzenfels, wobei ihm Peter Joseph Molitor (1821-1898) assistierte.
1861 erhielt er eine Professur für Historienmalerei an der Kunstakademie in Düsseldorf.
In dieser Zeit unterrichtete er u.a. Franz Paul Massau (1818-1900) und Friedrich Stummel (1850-1919).
1849 trat er der Berliner Kunstakademie bei.
Seine religiösen Werke im nazarenischen Stil, die er nach dem Vorbild Wilhelm von Schadows fertigte, fanden weite Verbreitung durch zahlreiche Lithografien und Nachstiche.